Program perdesaan yang dijalankan oleh Masyarakat Mandiri dapat dibagi menjadi 2 macam, yaitu program berbasis komoditas/wilayah dan program klaster mandiri. Berikut adalah program-program di wilayah perdesaan yang telah dijalankan oleh Masyarakat Mandiri:
Program Berbasis Komoditas/wilayah
- Pemberdayaan Ekonomi Bagi Pengrajin Tahu Berbasis Kampung Hayati di Kp. Iwul, Desa Bojongsempu, Kec. Parung, Kab Bogor
- Pemberdayaan Ekonomi Komunitas Pengrajin Gula Kelapa di Kabupaten Pacitan, Jawa Timur
- Pemberdayaan Ekonomi Komunitas Peternak Itik Melalui Pengembangan Ekonomi Lokal Berbasis Kampung Itik Terpadu di Kecamatan Sukadiri dan Sepatan, Kab. Tangerang, Banten
- Pemberdayaan Ekonomi Komunitas Peternak Lobster Air Tawar di Imogiri Bantul, Yogyakarta
- Pemberdayaan Petani Ubi Jalar di Kuningan Jabar
- Program Pengembangan Industri Rumah Tangga (IRT) Minyak Atsiri Berbahan Sereh Wangi Berbasis Komunitas Petani Lahan Kering-Kuningan
- Program Pemberdayaan Nelayan Kerang Hijau
- Program Ketahanan Pangan Berbasis Singkong (KPS) -Lampung
- Pemberdayaan Ekonomi Bagi Keluarga Nelayan Berbasis Pemanfaatan Sumber Daya Lokal Di Pulau Tunda, Serang Prop.Banten
- Pemberdayaan Industri Rumah Tangga di Ciamis
- Mikro Enterprise Empowerment Program (MEEP)
- Program Pemberdayaan Petani Ubi Jalar Melalui Pengembangan Agroindustri Pertanian
- Program Pemberdayaan Ekonomi Industri Rumah Tangga Berbasis Tepung
- Program Kampung Herbal Mandiri Sejahtera
- Program Pemberdayaan Nelayan Pesisir Sidoarjo
Program Klaster Mandiri
- Program Klaster Mandiri Blora
- Program Klaster Mandiri Kulon Progo
- Program Klaster Mandiri Zona Madina-Bogor
- Program Klaster Mandiri Bantaeng
- Program Klaster Mandiri Lebak
- Program Klaster Mandiri Jeneponto
- Program Klaster Mandiri Tuban
- Program Klaster Mandiri Lampung Selatan
